PA052: Úvod do systémové biologie

Sylabus

Historie a zaměření systémové biologie. Úvod do biologických pojmů. Základní pojmy a principy systémové biologie. Modelové organismy. Získávání biologických dat, databáze systémově biologických znalostí. Průběh výzkumu v systémové biologii. Biologické sítě a jejich rekonstrukce. Pojem modelu v systémové biologii (přehled přístupů k modelování). Příklady systémově biologického výzkumu. Přehled případových studií modelových organismů. Syntetická biologie, návrh a rekonstrukce biologických systémů. Informace v biologii a o biologii.

Přednášející

  • prof. RNDr. Luboš Brim, CSc.
  • RNDr. David Šafránek, Ph.D.
  • Ing. Matej Lexa, Ph.D.

Osnova

  • Přednáška 01: Systémová biologie
  • Přednáška 02: Metagenomika
  • Přednáška 03: Základní principy a koncepty systémové biologie
  • Přednáška 04: Biologické sítě a jejich rekonstrukce
  • Přednáška 05: Organizovanost biologických sítí a evoluční vývoj
  • Přednáška 06: Analýza biologických sítí
  • Přednáška 07: Signální dráhy
  • Přednáška 08: Přehled klasických modelů dynamiky
  • Přednáška 09: Specifikace modelů, jazyky, nástroje
  • Přednáška 10: Přehled formálních metod používaných v SB
  • Přednáška 11: Robustnost, optimalizace, syntetická biologie

Domácí četba a studijní materiály

Slajdy k přednáškám jsou k dispozici ve studijních materiálech ISu.

V průběhu přednášek byla požadována četba následujících článků:

K doplnění přehledu je doporučeno přečíst i ostatní články nabízené ve studijních materiálech ISu.

Zkouška

Studenti vypracují esej v rozsahu cca 2 stran A4 včetně referencí, písmo 12pt. Jazykem může být čeština i angličtina. Esej předpokládá četbu základní literatury H. Kitana a alespoň jednoho z ostatních nabízených článků.

© 2009, SYBILA Laboratory, Faculty of Informatics, Masaryk University
Botanicka 68a 60200 Brno, Czech Republic / +420 549 495 990 / Fax: +420 549 491 820
For questions regarding this website, contact the sybila team.
Powered by DokuWiki