PB172: Seminář ze systémové biologie

Kurz je zaměřen na studium a prezentaci vybraných odborných článků/kapitol z knih z oblasti výpočetní systémové biologie. Předpokladem je středoškolská znalost biologie a chemie, znalost základních principů paradigmatu systémové biologie a zájem o hlubší pochopení problematiky. Předchozí absolvování některých z předmětů PB050, PA052 nebo PA054 je vítáno.

každý pátek 10:00 v laboratoři Sybila (C516)

podmínkou získání kolokvia je prezentace vlastní práce případně vybraného článku

Nabídka článků k presentaci (publ) Nabídka článků k presentaci (auth)

• 24.2.
  • D. Šafránek: Sybila research topics overview and discussion
  • Slides

• 2.3.
  • S. Dražan: Review of Robustness Analysis Methods

• 9.3.
  • J. Fabriková: Introduction to Algebraic Model Checking
  • Slides

• 16.3.
  • J. Papoušek: ParaSim: Tool Conception

• 23.3.
  • A. Streck: Enumerative algorithm for parameter inference in boolean networks

• 30.3.
  • H. Klarner (FU Berlin): Reverse engineering of asynchronous logical networks

• 6.4.
  • T. Děd: BlenX Language Overview

• 13.4.
  • T. Vejpustek: Action-Based Analysis of Discrete Regulatory Networks with Short-Term Stimuli (C. Krause, C. Krause, and E. de Vink)
  • Slides

• 20.4.
  • M. Demko: A Framework for Modelling and Simulating Networks of Cells (S. Montana, M. Viroli)

• 27.4.
  • J. Kolčák: Employing counterexamples to distinguish parameterizations of discrete regulatory networks (work in progress)

• 4.5.
  • P. Dluhoš: Extending STL with freeze quantification to express non-trivial oscillatory behaviour (work in progress)

• 11.5.
  • CANCELED: CyanoNetwork Workshop in Mikulov

• 18.5.
  • V. Děd, A. Tokarčík: Modelling of photosynthesis by employing Petri net and Process algebraic techniques

podzim 2011